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农用微生物菌剂是由一种或一种以上的功能微生物(有效活菌)经工业化生产增殖后直接使用，或经浓缩或经载体吸附而制成的活菌制品。其特点是菌数高，用量少，使用各种功能菌种，产品品种多;适用对象广;涉及试验设计、效果评价的参数与指标也多样。主要有9个品种，包括：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂(秸秆、粪便等)、促生菌剂、复合菌剂、菌根菌剂和生物修复菌剂(农药残留降解、克服作物重茬)。适用范围：作物、土壤;秸秆(腐熟剂)、农残种类(修复剂)。
生物有机肥是由特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。其特点是在优质的有机肥(腐熟后)中，再添加(二次添加)功能微生物。
微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂于微生物肥料的明显的区别。微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥50亿/克。微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。
生物有机肥。指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为原料并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。发挥了生物菌“解”的作用，本身又供应了各种营养，是生物菌应用上的一大进步。
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