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指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
微生物菌剂和复合微生物肥料的区别：
微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂与复合微生物肥料的明显的区别。微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥2亿/克。复合微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。
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